那两千年是中华文明起源的关键阶段。彼时农业和生产力迅速发展，物质财富急剧增长，社会分化加剧，随之出现国家与王权。依照恩格斯的说法，国家是文明社会的概括。这一时间段内，长江流域的良渚古城、西辽河流域的牛河梁等遗址已经出现了相当发达的文化，甚至可以称之为国家。探源工程的初步结论认为，距今5000多年，中华大地迈进文明社会。

另一个问题随之而来。如果说中华文明形成于5000年前，如此高度的文明并非横空出世，更久远的根脉又在何时何地？

新石器时代早期的一系列发现中，已经出现了文明的曙光。根据当前的考古成果，八千年前后是另一个关键时期，有些学者称之为中华文明的起源。随着中华文明起源研究的深化， “上下五千年”不仅由传说变为考古学实证，“上下八千年”历史大脉络也逐渐变得清晰。

2002年春天启动的中华文明探源工程，由中国社科院考古所和北京大学考古文博学院牵头，联合20个学科、400多位学者，对中华文明起源阶段进行详细研究。这项工程以浙江良渚、山西陶寺、陕西石峁和河南二里头四个都邑性遗址，以及黄河、长江和辽河流域的中心性遗址为重点，得出了中华文明起源、形成和早期发展的大脉络。探源研究中，一个根本性的问题难以绕开：到底什么是文明？

长久以来，全球考古界以三个要素作为判定文明的标准：冶金术、文字、城市。上世纪80年代，“文明三要素”随着风行一时的英国考古经典著作《最早的文明》影响至中国。而这三要素是西方从两河流域和埃及考古中提炼出来的，那是全球现代考古学的发轫之地。中国史前社会发展模式与两河流域和埃及不尽相同，同样的要素在不同社会有着不同的涵义，因此“文明三要素”并不完全适用于中国。

一个直观的例子，就是冶金术在东西方的不同意义。在西方，青铜冶炼技术发明后被大范围用作生产工具和兵器，推动了农业发展和战争升级；而青铜冶炼技术自西亚传入中国后，与中国发达的制陶工艺相结合，被广泛用于礼器制造，铸成了花样繁多的青铜器。即便在高度发达的中国青铜时代，铜器并未对农业发展作出明显的贡献。

所以，中华文明探源工程的一项重要工作，就是确定中国的文明起源标准。这一标准必然建立在中国考古发现基础上。其中，浙江余杭良渚古城、辽宁建平牛河梁遗址等发现，提供了重要线索。尤其是良渚古城，在30年的时间里，考古人陆续发掘出高等级墓葬、祭坛、宫殿、水稻、城墙、大型水利工程等，一个距今五千年前后的发达聚落完整浮出水面。

在这些发现的基础上，2018年，探源工程专家组将文明标准定为四条：生产力方面，农业和手工业有相当程度发展；社会明显分化；出现作为政治、经济、文化中心的城市；出现王权。后来，国内学者又陆续提出一些看法，但国家、城市、王权、阶级分化这几个要素重合率颇高。

中国人民大学历史学院教授韩建业说，多数考古学家眼中的“文明”，基本是西语中Civilization一类词的翻译，一般以恩格斯“国家是文明社会的概括”这一论断为据，多数情况下，将文明起源和国家起源当做大同小异的同一件事来研究。中国社科院考古所研究员冯时则从中国传统来认识“文明”，《易传》《尚书》中的“文明”一词，本意是经过内心德行修养表现出的“文德”，是将人从动物世界分离出来的精神追求。因此，文明社会的状态，应该是“人类以修养文德而彰明，而社会则得有制度的建设和礼仪的完善而彰明”。

概括来说，关于文明的认识，一种观点重视社会发展程度，而另一种观点重视文化成就。

韩建业赞同将两者结合起来，他将“中华文明”定义为中华民族所拥有的“高度发达、长期延续的物质、精神和制度创造的综合实体”。这一观点强调，应该将中华文明的起源和形成区分开来，文明形成以国家社会的出现为标志，而之前还有很长的起源过程。

有趣的是，不论按照探源工程提出的文明标准，还是中国传统文献的文明概念，两种观点的部分学者在八千年文明起源这个坐标点上达成了一致。